Το Παράρτημα Βιβλιοθήκης Μυτιλήνης λειτουργεί από το 1986 παράλληλα με την έναρξη λειτουργίας του Πανεπιστημίου Αιγαίου στη Μυτιλήνη και στεγάζεται σε κτίριο τριών (3) ορόφων.

Το ισόγειο λειτουργεί ως χώρος υποδοχής και σημείο εξυπηρέτησης των χρηστών (γκισέ) και παρέχονται οι υπηρεσίες δανεισμού, επιστροφής και κράτησης βιβλίων, ενώ παράλληλα εκτίθεται η συλλογή των παλαιών τευχών από τα έντυπα επιστημονικά περιοδικά του Παραρτήματος. Στη διάθεση των χρηστών διατίθεται ένας (1) σταθμός εργασίας. Στο ισόγειο βρίσκονται τα ντουλάπια φύλαξης προσωπικών αντικειμένων, στα οποία οι χρήστες κλειδώνουν τα προσωπικά τους αντικείμενα κατά την είσοδό τους στο Παράρτημα. Επίσης υπάρχουν τα γραφεία καταλογογράφησης και επεξεργασίας του υλικού του Παραρτήματος.
Στον πρώτο όροφο του κτιρίου βρίσκεται ένα μέρος του βιβλιοστασίου (οι κατηγορίες ταξινόμησης Dewey 000 έως 599) και η έντυπη συλλογή της γκρίζας βιβλιογραφίας, δηλαδή οι πτυχιακές, μεταπτυχιακές και διδακτορικές εργασίες που εκπονούνται στα Τμήματα του Πανεπιστημίου που βρίσκονται στην Μυτιλήνη. Στη διάθεση των χρηστών διατίθενται τέσσερα (4) τερματικά χρηστών για αναζήτηση και ένα φωτοτυπικό μηχάνημα για χρήστες.
Στο δεύτερο όροφο βρίσκονται το υπόλοιπο μέρος του βιβλιοστασίου (οι κατηγορίες ταξινόμησης Dewey 600 έως 999), η συλλογή του πληροφοριακού υλικού, τα εκθετήρια με τα τεύχη του τρέχοντος έτους των επιστημονικών περιοδικών και το αναγνωστήριο της βιβλιοθήκης. Στη διάθεση των χρηστών διατίθενται σαράντα (40) θέσεις αναγνωστηρίου και δύο (2) τερματικά χρηστών για αναζήτηση, ενώ υπάρχει και αίθουσα με εξοπλισμό προβολής οπτικοακουστικού υλικού.

Η συλλογή της Βιβλιοθήκης αποτελείται από 36.850 τίτλους βιβλίων και 73 συνδρομές έντυπων επιστημονικών περιοδικών, συναφών με τα γνωστικά αντικείμενα των Σχολών και των Τμημάτων του Πανεπιστημίου που εδρεύουν στην Μυτιλήνη. Επίσης διαθέτει τη συλλογή της Γκρίζας Βιβλιογραφίας που εκπονείται στα Τμήματα του Πανεπιστημίου που βρίσκονται στην Μυτιλήνη, τη συλλογή των συγγραμμάτων που διανέμονται στους φοιτητές των Τμημάτων της Μυτιλήνης μέσω του προγράμματος του Υπουργείου Παιδείας ΕΥΔΟΞΟΣ, καθώς και άλλες ειδικές συλλογές, όπως: πληροφοριακό υλικό (εγκυκλοπαίδειες, λεξικά, οδηγοί), σημειώσεις διδασκόντων, οπτικοακουστικό υλικό, χάρτες, κ.α.
Η Βιβλιοθήκη έχει οργανωμένο το υλικό της σύμφωνα με τα διεθνή πρότυπα ταξινόμησης και καταλογογράφησης. Συγκεκριμένα, το υλικό είναι ταξινομημένο σύμφωνα με το Δεκαδικό Σύστημα Ταξινόμησης DEWEY (Dewey Decimal Classification) και καταλογογραφημένο σύμφωνα με τους Αγγλο-Αμερικάνικους Κανόνες Καταλογογράφησης (AACR 2), χρησιμοποιώντας τις θεματικές επικεφαλίδες της Βιβλιοθήκης του Κογκρέσου (Library of Congress). Η καθιέρωση των ονομάτων γίνεται από το Library of Congress Name Authorities και από τον Κατάλογο Καθιερωμένων Ονομάτων Φυσικών Προσώπων της Εθνικής Βιβλιοθήκης της Ελλάδας. Η αναζήτηση του υλικού είναι δυνατή τόσο σε τοπικό επίπεδο, όσο και στον ενιαίο κατάλογο των έξι (6) Παραρτημάτων Βιβλιοθήκης του Πανεπιστημίου Αιγαίου. Το Παράρτημα προσφέρει επίσης πρόσβαση σε μεγάλο αριθμό ηλεκτρονικών βάσεων και περιοδικών.

Η συλλογή καλύπτει τους τομείς ενδιαφερόντων των Τμημάτων του Πανεπιστημίου στη Μυτιλήνη, ενώ παράλληλα υπάρχει μεγάλος αριθμός τίτλων γενικού ενδιαφέροντος. Το Παράρτημα Βιβλιοθήκης Μυτιλήνης καλύπτει κατά βάση τις παρακάτω θεματικές ενότητες (γνωστικά αντικείμενα):
- Πληροφορική
- Βιβλιοθηκονομία
- Μουσειολογία
- Φιλοσοφία
- Ψυχολογία
- Θρησκεία
- Κοινωνιολογία
- Κοινωνική Ανθρωπολογία
- Πολιτικές Επιστήμες
- Οικονομική Επιστήμη
- Δίκαιο
- Εκπαίδευση
- Γλώσσα
- Μαθηματικά
- Φυσική
- Χημεία
- Γεωλογία
- Βιολογία
- Φυτά- Ζώα
- Εφαρμοσμένη Μηχανική
- Τέχνη
- Αρχιτεκτονική
- Ζωγραφική
- Μουσική
- Κινηματογράφος
- Λογοτεχνία και Ρητορική
- Γεωγραφία
- Ιστορία

ΥΠΗΡΕΣΙΕΣ
- Υπηρεσίες Δανεισμού (Δανεισμός, Κρατήσεις, Ανανεώσεις)
- Υπηρεσίες Διαδανεισμού (εσωτερικός διαδανεισμός, Διαδανεισμός με άλλες βιβλιοθήκες)
- Παραγγελίες άρθρων
- Μελέτη στους χώρους της Βιβλιοθήκης
- Αναπαραγωγή τεκμηρίων (βιβλίων, περιοδικών, ψηφιακών μέσων)
- Διαχείριση Βιβλίων ΕΥΔΟΞΟΥ (δανεισμός, επιστροφή, διανομή συγγραμμάτων ΕΥΔΟΞΟΥ)
- Υπηρεσίες Υποστήριξης και Εκπαίδευσης Χρηστών
- Υποστήριξη βιβλιογραφικής έρευνας

Το Παράρτημα Βιβλιοθήκης Μυτιλήνης εξυπηρετεί τη Σχολή Κοινωνικών Επιστημών, στην οποία εντάσσονται τέσσερα (4) Προπτυχιακά Τμήματα:
- Τμήμα Κοινωνικής Ανθρωπολογίας και Ιστορίας,
- Τμήμα Γεωγραφίας,
- Τμήμα Κοινωνιολογίας,
- Τμήμα Πολιτισμικής Τεχνολογίας και Επικοινωνίας.
και τα Τμήματα Περιβάλλοντος και Επιστημών της Θάλασσας της Σχολής Περιβάλλοντος
και δέκα πέντε (15) Μεταπτυχιακά Προγράμματα Σπουδών:
- Κοινωνική και Ιστορική Ανθρωπολογία,
- Φύλο, Πολιτισμός και Κοινωνία,
- Γεωγραφία και Εφαρμοσμένη Γεωπληροφορική,
- Ανθρωπογεωγραφία, Ανάπτυξη και Σχεδιασμός του Χώρου,
- Έρευνα για την Τοπική Κοινωνική Ανάπτυξη και Συνοχή,
- Ευρωπαϊκές Κοινωνίες και Ευρωπαϊκή Ολοκλήρωση,
- Πόλη και Περιβάλλον. Εφαρμοσμένη και Κλινική Κοινωνιολογία,
- Πολιτισμική Πληροφορική και Επικοινωνία,
- Ολοκληρωμένη Διαχείριση Παράκτιων Περιοχών (Διατμηματικό),
- Διατήρηση της Βιοποικιλότητας (Κοινό Ελληνο-Γαλλικό),
- Περιβαλλοντική Πολιτική και Διατήρηση Βιοποικιλότητας,
- Διεθνές ΠΜΣ Erasmus Mundus: Περιβαλλοντική Επιστήμη, Πολιτική και Διαχείριση,
- Γεωργία και Περιβάλλον,
- Οικολογική Μηχανική και Κλιματική Αλλαγή (Θεοφράστειο),
- Επιστήμες Περιβάλλοντος

Βασικός σκοπός του Παραρτήματος είναι η εξυπηρέτηση των αναγκών μάθησης και πληροφόρησης των μελών της Ακαδημαϊκής Κοινότητας (προπτυχιακοί και μεταπτυχιακοί φοιτητές, καθηγητές, ερευνητές και διοικητικό προσωπικό). Παράλληλα το Παράρτημα είναι ανοιχτό και για τους πολίτες του νησιού και επισκέπτες εν γένει.