Το Παράρτημα Βιβλιοθήκης Σάμου λειτουργεί από το 1987 παράλληλα με την έναρξη λειτουργίας του Τμήματος Μαθηματικών και του Πανεπιστημίου Αιγαίου στη Σάμο. Βρίσκεται στο Καρλόβασι Σάμου και στεγάζεται σε αναπαλαιωμένο νεοκλασικό κτίριο του 1903 το Χατζηγιάννειο Παρθεναγωγείο. Το Χατζηγιάννειο Παρθεναγωγείο είναι χτισμένο στο μέρος που βρισκόταν η Πορφυριάδα Σχολή και η εκκλησία της Αγίας Σοφίας. Το κτίριο κτίσθηκε με έξοδα του τότε βιομηχάνου και πολιτευτή της Σαμιακής Πολιτείας Γιάννη Χατζηγιάννη για να στεγασθεί το Παρθεναγωγείο που λειτουργούσε στο Καρλόβασι από το 1861. Θεμελιώθηκε το 1902, οι εργασίες όμως τελείωσαν το 1905 και πήρε την επωνυμία Χατζηγιάννειο προς τιμή του δωρητού. Όλα τα χρόνια μέχρι σήμερα το κτίριο λειτούργησε σαν διδακτήριο, έκτος από τα χρόνια του εμφυλίου πολέμου. Το 1989 ο Δήμος Καρλοβασίων το παραχώρησε στο Πανεπιστήμιο. Με σχέδια και μελέτη από τον αρχιτέκτονα του Πανεπιστημίου Αιγαίου Κ. Λαπαθάκη, το κτίριο ανακαινίσθηκε και διαμορφώθηκε κατάλληλα για χρήση Βιβλιοθήκης.

Το κτίριο του Παραρτήματος καταλαμβάνει έκταση περίπου 920 τ.μ. και περιλαμβάνει δύο επίπεδα.
Το πρώτο επίπεδο (ισόγειο) λειτουργεί ως χώρος υποδοχής και σημείο εξυπηρέτησης των χρηστών (γκισέ) και παρέχονται οι υπηρεσίες της βιβλιογραφικής αναζήτησης και του δανεισμού, επιστροφής και κράτησης βιβλίων. Επίσης υπάρχουν τα γραφεία ταξινόμησης και επεξεργασίας υλικού και ειδικοί χώροι και εκθετήρια για οπτικοακουστικό υλικό και για το νεοαποκτηθέν υλικό. Στη διάθεση των χρηστών διατίθενται τέσσερα (4) τερματικά χρηστών για αναζήτηση. Στο εσωτερικό εκτείνονται τα βιβλιοστάσια ανοιχτής πρόσβασης τα οποία φιλοξενούν βιβλία. Στη δεξιά πτέρυγα του ισογείου σε μονάδα κινητών βιβλιοστασίων φυλάσσεται η συλλογή περιοδικών με τα παλαιότερα τεύχη (back issues). Στη διάθεση των χρηστών διατίθενται είκοσι τέσσερις (24) θέσεις αναγνωστηρίου και δύο (2) φορητοί υπολογιστές για γενική χρήση. Στην αριστερή πτέρυγα του ισογείου υπάρχει κυλικείο και βοηθητικοί χώροι για το κοινό, ένα φωτοτυπικό μηχανήμα για χρήστες και εξοπλισμός ανάγνωσης και εκτύπωσης microfilm – microfish. Από άλλη είσοδο του ισογείου υπάρχει ξεχωριστή αίθουσα όπου φυλάσσονται οι συλλογές σπάνιου και ιστορικού υλικού: συλλογή Πορφυριάδας Σχολής, συλλογή Παναγιώτη Μάγειρα, συλλογή οικογένειας Μόραλη, συλλογή Δημήτρη Βαλασκαντζή
Στο δεύτερο επίπεδο (ημιώροφος) συνεχίζεται η συλλογή των βιβλίων και των περιοδικών σε βιβλιοστάσια ανοιχτής πρόσβασης. Στην δεξιά πτέρυγα υπάρχουν εκθετήρια με τα τεύχη του τρέχοντος έτους για όλα τα περιοδικά της συλλογής του Παραρτήματος. Στη διάθεση των χρηστών διατίθενται είκοσι έξι (26) θέσεις αναγνωστηρίου.

Η συλλογή του Παραρτήματος βιβλιοθήκης Σάμου περιλαμβάνει 34.130 τόμους βιβλίων ή 22.436 τίτλους βιβλίων (7.926 τίτλους στην Ελληνική γλώσσα, 13.581 τίτλους στην Αγγλική γλώσσα, 275 τίτλους στην Γερμανική γλώσσα, 535 τίτλους στην Γαλλική γλώσσα) και 352 τίτλους περιοδικών εκ των οποίων οι 31 τίτλοι αφορούν τρέχουσες συνδρομές σε έντυπη μορφή.
Επίσης διαθέτει τη συλλογή της Γκρίζας Βιβλιογραφίας που εκπονείται στα Τμήματα του Πανεπιστημίου που βρίσκονται στην Σάμο, τη συλλογή των συγγραμμάτων που διανέμονται στους φοιτητές των Τμημάτων της Σάμου μέσω του προγράμματος του Υπουργείου Παιδείας ΕΥΔΟΞΟΣ, καθώς και άλλες ειδικές συλλογές, όπως: πληροφοριακό υλικό (εγκυκλοπαίδειες, λεξικά, οδηγοί), σημειώσεις διδασκόντων, οπτικοακουστικό υλικό,συλλογή Πορφυριάδας Σχολής, συλλογή Παναγιώτη Μάγειρα, συλλογή οικογένειας Μόραλη, συλλογή Δημήτρη Βαλασκαντζή, κ.α.
Η Βιβλιοθήκη έχει οργανωμένο το υλικό της σύμφωνα με τα διεθνή πρότυπα ταξινόμησης και καταλογογράφησης. Συγκεκριμένα, το υλικό είναι ταξινομημένο σύμφωνα με το Δεκαδικό Σύστημα Ταξινόμησης DEWEY (Dewey Decimal Classification) και καταλογογραφημένο σύμφωνα με τους Αγγλο-Αμερικάνικους Κανόνες Καταλογογράφησης (AACR 2), χρησιμοποιώντας τις θεματικές επικεφαλίδες της Βιβλιοθήκης του Κογκρέσου (Library of Congress). Η καθιέρωση των ονομάτων γίνεται από το Library of Congress Name Authorities και από τον Κατάλογο Καθιερωμένων Ονομάτων Φυσικών Προσώπων της Εθνικής Βιβλιοθήκης της Ελλάδας. Η αναζήτηση του υλικού είναι δυνατή τόσο σε τοπικό επίπεδο, όσο και στον ενιαίο κατάλογο των έξι (6) Παραρτημάτων Βιβλιοθήκης του Πανεπιστημίου Αιγαίου. Το Παράρτημα προσφέρει επίσης πρόσβαση σε μεγάλο αριθμό ηλεκτρονικών βάσεων και περιοδικών.

Η συλλογή καλύπτει τους τομείς ενδιαφερόντων των Τμημάτων του Πανεπιστημίου στη Σάμο, ενώ παράλληλα υπάρχει μεγάλος αριθμός τίτλων γενικού ενδιαφέροντος. Το Παράρτημα Βιβλιοθήκης Σάμου καλύπτει κατά βάση τις παρακάτω θεματικές ενότητες (γνωστικά αντικείμενα):
- Ηλεκτρονικοί Υπολογιστές
- Φιλοσοφία και Ψυχολογία
- Θρησκεία
- Κοινωνικές Επιστήμες
- Πολιτική επιστήμη
- Οικονομία
- Χρήμα-Τράπεζες
- Μακροοικονομικά-Μικροοικονομία
- Δίκαιο
- Εκπαίδευση
- Οικονομία
- Χρηματοοικονομικά
- Ασφάλεια
- Λαογραφία
- Γλώσσα
- Φυσικές Επιστήμες
- Μαθηματικά
- Στατιστική
- Τοπολογία
- Γεωμετρία
- Αστρολογία
- Τεχνολογία
- Χημεία
- Βιολογία
- Γεωργία
- Οργάνωση και Διοίκηση
- Λογιστική
- Τέχνες
- Κινηματογράφος
- Σκάκι
- Λογοτεχνία
- Γεωγραφία-Ιστορία

ΥΠΗΡΕΣΙΕΣ
- Υπηρεσίες Δανεισμού (Δανεισμός, Κρατήσεις, Ανανεώσεις)
- Υπηρεσίες Διαδανεισμού (εσωτερικός διαδανεισμός, Διαδανεισμός με άλλες βιβλιοθήκες)
- Παραγγελίες άρθρων
- Μελέτη στους χώρους της Βιβλιοθήκης
- Αναπαραγωγή τεκμηρίων (βιβλίων, περιοδικών, ψηφιακών μέσων)
- Διαχείριση Βιβλίων ΕΥΔΟΞΟΥ (δανεισμός, επιστροφή, διανομή συγγραμμάτων ΕΥΔΟΞΟΥ)
- Υπηρεσίες Υποστήριξης και Εκπαίδευσης Χρηστών

Το Παράρτημα Βιβλιοθήκης Σάμου εξυπηρετεί τα Τμήματα Μαθηματικών και Μηχανικών Πληροφοριακών και Επικοινωνιακών Συστημάτων της Σχολής Θετικών Επιστημών
και τρία (3) Μεταπτυχιακά Προγράμματα Σπουδών:
- Σπουδές στα Μαθηματικά
- Στατιστική και Αναλογιστικά - Χρηματοοικονομικά Μαθηματικά
-Τεχνολογίες και Διοίκηση Πληροφοριακών και Επικοινωνιακών Συστημάτων

Βασικός σκοπός του Παραρτήματος είναι η εξυπηρέτηση των αναγκών μάθησης και πληροφόρησης των μελών της Ακαδημαϊκής Κοινότητας (προπτυχιακοί και μεταπτυχιακοί φοιτητές, καθηγητές, ερευνητές και διοικητικό προσωπικό). Παράλληλα το Παράρτημα είναι ανοιχτό και για τους πολίτες του νησιού και επισκέπτες εν γένει.

Περισσότερα λόγια για τις ειδικές Συλλογές
• Συλλογή Πορφυριάδας Σχολής
Η συλλογή περιλαμβάνει βιβλία από τη Βιβλιοθήκη της Πορφυριάδας Σχολής. Ιδρυτής της Σχολής ήταν ο Πορφύριος Ζαμπέτης. Η Πορφυριάδα Σχολή ιδρύθηκε το 1784 στο Νέο Καρλόβασι Σάμου. Μετά την Ένωση της Σάμου με την Ελλάδα μετονομάστηκε σε «Δημόσια Εμπορική Σχολή» και αργότερα ονομάστηκε «Οικονομικό Γυμνάσιο». Το πρώτο κτίριο που στεγάστηκε η Πορφυριάδα Σχολή βρισκόταν στη θέση που είναι σήμερα το Χατζηγιάννειο Κτίριο και η σημερινή Βιβλιοθήκη του Πανεπιστημίου Αιγαίου. Το 1831 η Βιβλιοθήκη κάηκε από απροσεξία. Στο νέο κτίριο η συλλογή της Βιβλιοθήκης εμπλουτίζεται ξανά με βιβλία και σχολικά βοηθήματα. Τα βιβλία που διασώθηκαν μέχρι σήμερα δόθηκαν ως δωρεά από το Δήμο Καρλοβασίων το 2010 και πρόκειται για μια συλλογή που περιλαμβάνει 1487 τίτλους βιβλίων, αναγνωστικά, εγκυκλοπαίδειες και λεξικά. Οι θεματικές κατηγορίες της συλλογής αυτής είναι:
- Αρχαία Ελληνική Γραμματεία
- Ρητορική
- Φιλοσοφία
- Εκκλησιαστικά βιβλία
- Εμποριολογία: Εμπορική Αριθμητική Εμπορική Επιστολογραφία, Ιστορία της Εμπορίας, Εμπορευματολογία, Λογιστική Πολιτική οικονομία, Εμπορικό Δίκαιο,
- Φυσική ιστορία
- Φυσική
- Μαθηματικά
- Χημεία
- Γεωγραφία
- Γεωλογία

• Συλλογή Παναγιώτη Μάγειρα
Η συλλογή αποτελείται από 2305 τίτλους βιβλίων με κύρια θεματική ενότητα τα μαθηματικά. Αναλυτικότερα περιλαμβάνει μεγάλο αριθμό φροντιστηριακών βιβλίων - βοηθημάτων για μαθητές γυμνασίου (6τάξιου γυμνασίου) και λυκείου και για υποψήφιους που προετοιμάζονται για την εισαγωγή τους σε ΑΕΙ, θέματα εξετάσεων, πανεπιστημιακά συγγράμματα και ελληνικά και ξενόγλωσσα περιοδικά.

• Συλλογή οικογένειας Μώραλη
Η συλλογή αποτελείται από 160 τίτλους βιβλίων με κύριες θεματικές κατηγορίες την ιατρική και τη γεωργία- γεωπονία. Τα βιβλία στην πλειονότητά τους είναι στη Γαλλική γλώσσα, εκδοθέντα κατά τα έτη 1851-1920.

• Συλλογή Δημήτρη Βαλασκαντζή
Η συλλογή αποτελείται από 4.734 τίτλους βιβλίων, πλήθος ελληνικών λογοτεχνικών περιοδικών της περιόδου 1960-1980 και εφημερίδες.